Увлекающийся темой детективных историй и поклонник Шерлока Холмса 17-летний Синъити Кудо во время прогулки со своей подругой детства попадает в западню — его заставляют проглотить пилюлю, которая превращает его в семилетнего мальчика. Даже его близкий друг профессор Агаса оказывается бессилен, и тогда Кудо ничего не остается, кроме как жить новой жизнью под именем Конана Эдогавы. Благодаря собственному уму и потрясающей дедукции вместе со своими друзьями он уже в новом облике пытается очистить Японию от криминала и вернуть свою внешность.